Die Gründung der Siedlung wird auf Markgraf Gero (gest. 965) zurückgeführt, der hier am Fuße des Gebirgsteilrands einen Fronhof und eine Kirche errichten ließ, um die sich die Bauernsiedlung mit dem Tieplatz entwickelte. Nach dem Tod seiner Söhne gründete er das Kanonissenkloster Gernrode. Die Äbtissinen, deren Stift später zur Reichsabtei erklärt worden war, sahen in dieser Stärkung ihrer staatsrechtlichen Stellung ein Mittel, den Bauern und Handwerkern bis ins 16. Jahrhundert jede politische Macht vorzuenthalten. Neben den umliegenden Mooren ein Grund, warum sich Gernrode nicht zu solcher Blüte wie beispielsweise Quedlinburg entwickeln konnte.
Die in der Mitte des 10. Jahrhunderts entstandene Kirche bewahrt in ihrer heutigen Gestalt überwiegend Bauform und Materialteile des originalen Erstbaus, dank einer umfassenden Restaurierung von 1865 bis 1872 durch Ferdinand von Quast (1807 - 1877), die fast alle nach dem 12. Jahrhundert vorgenommenen baulichen Veränderungen zurücknahm. Der Konservator arbeitete im Auftrag des Herzogs Alexander Karl von Anhalt-Bernburg, zu dessen Besitzungen Gernrode damals gehörte und dessen Frau Friederike, die sich der Erhaltung der bauhistorisch wertvollen und geschichtsträchtigen Stiftsarchitektur besonders angenommen hatte. Die Stiftskirche Gernrode ist ein Fundus historischer und kulturgeschichtlicher Raritäten: Die Krypta unter dem Ostchor der Kirche gilt heute, neben der im thüringischen Rohr, als die älteste bestehende Hallenkrypta nördlich der Alpen. Das älteste in Deutschland erhaltene Beispiel einer architektonischen Nachbildung des Heiligen Grabes Christi in Jerusalem - ein Einbau im südlichen Seitenschiff aus der Zeit von 1060 bis spätestens 1130, inspiriert durch die Einflüsse der frühen Kreuzzüge - ist in motivischem Reichtum und bildhauerischer Gestaltung unvergleichlich. Heute gilt das Stift als einer der besterhaltenen frühottonischen Bauten. Von seiner zweiten Reise nach Rom brachte Markgraf Gero 963 Reliquien des heiligen Cyriakus mit. Kaiser Barbarossa, der 1188 in Gernrode weilte, stiftete für die Stephaniekirche, die zweite historische Kirche, eine Glocke. 1539 erhielt Gernrode das Stadtrecht, 1545 das Braurecht. Der Ort zählte mit seinen vielen Töchterheimen und dem Nachbarort Bad Suderode mit seiner Calziumquelle zu den beliebtesten Verweilorten am Nordharzrand. Gernrode zählte von 1945 bis 1989 neben den ca. 4600 Einwohnern jährlich rund 20.000 Urlauber in den zahlreichen FDGB-Ferienheimen.
